Due gli ambiti di lavoro: Microbiota intestinale e Micobatteri
Quali sono le attività del Laboratorio Integrato di Sequenziamento avviato all’interno dell’Azienda Ospedaliera di Alessandria? Una domanda a cui ha dato risposta una delle professioniste del laboratorio.
Ma prima di scoprire cosa significa sequenziare e quali sono le fasi del protocollo per svolgerlo in modo corretto, è importante ricordare che i Laboratori di Ricerca Integrati, coordinati dalla responsabile Annalisa Roveta, vedono la stretta collaborazione tra il DAIRI, Dipartimento Attività Integrate Ricerca e Innovazione dell’AO AL diretto da Antonio Maconi e il DiSIT, Dipartimento di Scienze e Innovazione Tecnologica dell’Università del Piemonte Orientale diretto da Leonardo Marchese.
A far parte del Laboratorio di Sequenziamento è il personale della struttura di Microbiologia e Virologia, diretta da Andrea Rocchetti, e l’attività si focalizza, per il momento, sull’analisi del Microbiota intestinale e sui Micobatteri.
«Sequenziare il Microbiota intestinale – ha spiegato la dottoressa Valentina Pizzo – significa identificare tutta la popolazione batterica presente nell’intestino, anche quella che normalmente non riesce a crescere in vitro, fornendo così un quadro completo utile a diagnosticare eventuali disbiosi e patologie. Invece, sequenziare i Micobatteri fornisce l’identificazione sia dei microrganismi che di eventuali meccanismi di resistenza agli antibiotici».
Nello specifico, il protocollo per questo tipo di sequenziamento dura più giorni e si articola in molte fasi, a partire dall’estrazione del Dna dalle cellule batteriche, all’indicizzazione dei vari frammenti di genoma ottenuti, alla purificazione con biglie magnetiche, fino al caricamento vero e proprio sul sequenziatore.
Tutti questi passaggi sono molto delicati, infatti vanno svolti con precisione e velocità, temperature controllate e rispetto rigoroso dei tempi previsti dal protocollo. Ciò significa che una volta iniziate le operazioni, non ci si può fermare per diverse ore.
«Queste caratteristiche – ha sottolineato ancora Valentina Pizzo – rendono il sequenziamento una tecnologia molto diversa dalla attività di clinica routinaria, quindi per noi la sfida sarà quella di amalgamare le due realtà per rendere questa nuova tecnologia sempre più accessibile e fruibile. La complessità della tecnica è comunque ripagata dalla qualità e quantità di informazioni restituite e non ottenibili con nessuna tecnica tradizionale».
Il sequenziamento utilizzato nell’ambito del trapianto intestinale fornisce un quadro di salute del paziente, mentre quello nell’ambito dei micobatteri permette di dare al clinico, quasi un mese prima rispetto alle tecniche colturali tradizionali, informazioni importantissime sull’impostazione della terapia da utilizzare.
Per saperne di più, sul canale YouTube dell’Azienda Ospedaliera di Alessandria è presente il video di approfondimento: https://youtu.be/Cif6olchmII
